É usado para diminuir a capacidade do sangue de coagular e impedir a formação de coágulos prejudiciais dentro dos vasos sanguíneos. A medicação é muitas vezes referida como um anticoagulante, mas na verdade não dilui o sangue. A heparina não é capaz de dissolver os coágulos sanguíneos já formados, mas impede que os coágulos cresçam e causem problemas mais sérios.
Ou seja, a heparina pode ser usada para tratar certas condições dos vasos sanguíneos, pulmões e coração. Ou ainda pode ser usada para interromper a coagulação do sangue em cirurgia de coração aberto e diálise renal, cirurgia de ponte de safena e transfusões de sangue.